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La Universidad tiene como misión, en el seno de la sociedad y de la Iglesia:
El logotipo de la Universidad del Mayab cuyo símbolo es el observatorio Mayab reafirma el compromiso establecido con la región sureste del país, mismo en donde la cultura maya alcanzó su desarrollo, de formar hombres y mujeres humana y profesionalmente para ejercer un liderazgo positivo social.

El color naranja representa el sol y lo divino, mientras que el café es símbolo de la tierra y de lo humano. Esta doble simbología de los colores une en sí la doble dirección de formación integral que imparte la universidad: el cultivo del alma y la educación del cuerpo.
Nuestro lema “Vince in Bono Malum” expresa y da a conocer la base que sustenta los valores y actitudes que nos definen como institución de educación superior.
"Vencer el mal con el bien" es el fundamento y la síntesis de los siguientes puntos: